Nach der Entscheidung für das massiv-parallele Rechnersystem von der Firma IBM im Jahr 2001 erfolgte zwischen 2002 und 2008 der Betrieb des ersten HLRN-Rechnersystems an den beiden Standorten Zuse-Institut Berlin und Regionales Rechenzentrum für Niedersachsen (heute Leibniz Universität IT Services) in Hannover.
Das HLRN-I-Rechnersystem bestand aus Rechenknoten vom Typ IBM p690 (Regatta). Die Installation erfolgte symmetrisch, d.h. beide Standorte betrieben identische Systeme. Das System in Berlin trug den Namen Berni, das System in Hannover den Namen Hanni. Die Standorte wurden über eine 1 GBit/s Datenleitung des DFN, dem HLRN-Link, miteinander verbunden. Im Endausbau waren an beiden Standorten jeweils die folgende Komponenten installiert.