Der Wissenschaftliche Ausschuss entscheidet über die Zulassung von Projekten auf dem HLRN-System und die Vergabe von Betriebsmitteln. Dazu beurteilt er eingereichte Rechenzeitanträge sowohl wissenschaftlich (nach den bei der Deutschen Forschungsgemeinschaft üblichen Kriterien) als auch HPC-technisch (unter Berücksichtigung der aktuellen HLRN-Hardwarekonfiguration). Der Wissenschaftliche Ausschuss ist eine ständige Kommission des Verwaltungsrates. Ihm gehören Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler an, die die anwendungsbezogenen und methodischen Schwerpunkte des HLRN vertreten.